克隆人突击队99号小组再度出动！最后一战，为惊险的银河系旅程划上句号。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
数百年前，一场突如其来的陨石群撞击，让整个世界崩塌成两片彼此共生又绝对隔离的大陆。为了拯救危在旦夕的人类文明，数百位以罗森博格为首的原大陆科学家，集诸国之力研发出一种新型能源供给装置（卡片）。主人公陈暮从一个弱小无助、贫苦无依的困顿少年，在经历了一连串充满挣扎与磨难的冒险之后，没有放弃与退缩，依然靠着善良包容的天性、自身的卓绝努力与周围亲朋好友的热情相助，最终突破重重障碍，成长为一个正义凛然、以德服人、能力出众的正面领袖的故事。
“为什么谁都不记得真正的世界呢……！” 本是争夺地上霸权的五种族大战以英雄希德率领的人类胜利告终的时代；但是这个世界，在少年凯眼前突然被「改写」了。在被改写的世界里，凯所看到的是，由于英雄希德不存在，人类在五种族大战中败北的情景——在这里，龙和恶魔统治着地面，并且凯成为了被所有人遗忘的存在。但是凯遇到神秘的少女铃娜后，决心打破这被改写的命运。 在没有英雄的世界里，继承英雄的剑和武艺，挑战君临的强大敌种族。被世界遗忘的少年「取回真正的世界」空想超大作，开幕！
